Ronawati, 4411412033 (2017) IDENTIFIKASI DUPLIKASI AKSESI DURIAN LOKAL MENGGUNAKAN PENANDA INTER SIMPLE SEQUENCE REPEAT. Under Graduates thesis, Universitas Negeri Semarang.

Preview

PDF - Published Version Download (184kB) | Preview

Abstract

Durian merupakan salah satu komoditas buah-buahan yang mempunyai nilai ekonomi cukup penting di pasar perdagangan dan menjadi komoditas unggulan. Indonesia seperti Kalimantan menjadi pusat keanekaragaman durian Indonesia. Agrocenter Hortimart yang berlokasi di Bawen, Kabupaten Semarang memiliki koleksi durian sebanyak 105 aksesi dan belum diidentifikasi secara molekuler. Oleh karena itu perlu identifikasi aksesi durian berdasarkan penanda Inter Simple Sequence Repeat (ISSR). Selain menganalisis identitas setiap aksesi durian di Hortimart Bawen, penelitian ini juga mengidentifikasi adanya duplikasi aksesi. Isolasi DNA genom menggunakan metode CTAB mengikuti prosedur Doyle & Doyle yang sudah sedikit dimodifikasi. Hasil isolasi DNA dimurnikan menggunakan RNase. Proses PCR dilakukan dengan 35 siklus, diawali predenaturasi pada 94 oC selama 4 menit, denaturasi 94 oC selama 30 detik. Suhu penempelan primer PKBT 7, ISSR 808, ISSR 1 dan ISSR 4 berturut-turut adalah 54 oC, 54 oC, 49,5 oC dan 50 oC selama 30 detik. Suhu pemanjangan sebesar 72 oC selama 1 menit, perpanjangan akhir pada suhu 72 oC selama 10 menit dan pendinginan pada suhu 15 oC selama 10 menit. Produk ISSR dipisahkan menggunakan agarosa 2%, elektroforesis pada 500 mA 100 V selama 30 menit dalam 0,5X bufer TBE. Hasil pita DNA dianalisis menggunakan NTSYSpc versi 2.0 untuk mendapatkan dendrogram. Hasil analisis berdasarkan pita ISSR pada koefisien kemiripan 0,70 memisahkan 41 genotipe durian menjadi dua kelompok besar yaitu kelompok A dan kelompok B. Sebagian besar genotipe dikelompokkan ke dalam kelompok B, sedangkan kelompok A hanya beberapa genotipe saja yakni Jagal Bilowo, Ajimah, Suryo dan Pasopati. Kelompok A terdiri atas dua subkelompok pada koefisien kemiripan 0,718 yakni kelompok A 1 dan kelompok A 2. Sebagian besar mengelompok pada kelompok A 1, hanya genotipe Ponconoko yang memisah dengan yang lain. Kelompok B pada koefisien kemiripan 0,75 terdiri atas dua subkelompok yakni kelompok B 1 dan B 2. Sebagian besar genotipe mengelompok pada kelompok B 1, kelompok B 2 hanya terdiri atas genotipe Ngalengko. Hasil analisis dendrogram menunjukkan bahwa terdapat duplikasi antara genotipe Arjuno dan Jangkarbumi pada koefisien kemiripan 1,00 yang ditunjukkan oleh 4 primer.

Actions (login required)

View Item