Analisis Keanekaragaman Genetika Kultivar Pisang Menggunakan Penanda PCR-RFLP pada Internal Transcribed Spacer (ITS) DNA Ribosomal

Tri Wulan Dwi Ekasari, 4450406020 (2011) Analisis Keanekaragaman Genetika Kultivar Pisang Menggunakan Penanda PCR-RFLP pada Internal Transcribed Spacer (ITS) DNA Ribosomal. Under Graduates thesis, Universitas Negeri Semarang.

Abstract

Pisang merupakan salah satu bahan makanan pokok keempat terpenting di negara berkembang. Untuk itu diperlukan analisis keanekaragaman pisang sebagai salah satu upaya untuk pemuliaan tanaman tersebut. Penanda mikrosatelit dapat membedakan kultivar pisang yang memiliki genom A saja dan dengan kultivar pisang bergenom B, namun penanda ini memiliki keterbatasan ,yaitu membutuhkan primer spesifik sehingga membutuhkan waktu dan biaya yang cukup mahal. Metode Polymerase Chain Reaction Restriction Fragmen Lenght Polimorfism (PCR-RFLP) dari Internal Transcribed Spacer (ITS) DNA Ribosomal mampu mengklasifikasikan genom kultivar pisang di Afrika. Analisis keanekaragaman genetika menggunakan metode ini lebih efektif dan efisien. Oleh karena itu, selain memberikan informasi keanekaragaman genetika metode ini dapat digunakan untuk meninjau ulang klasifikasi genom kultivar pisang berdasarkan penanda mikrosatelit. Penelitian ini menggunakan DNA dari 15 kultivar pisang koleksi Laboratorium Genetika dan Biologi molekuler Jurusan Biologi FMIPA UNNES yang telah diklasifikasikan genomnya berdasarkan mikrosatelit. Sampel tersebut diperiksa kualitasnya, kemudian diamplifikasi dan selanjutnya dipotong menggunakan enzim RsaI. Hasil potongan kemudian dianalisis untuk penentuan genom dari masing-masing kultivar dan selanjutnya dibandingkan dengan hasil pengklasifikasian berdasarkan penanda mikrosatelit. Hasil pemerikasaan DNA dari 15 kultivar pisang menunjukkan kualitas cukup baik, proses amplifikasi daerah ITS DNA ribosomal menggunakan primer ITS L dan ITS 4 menunjukkan fragmen dengan ukuran 700 bp. Pemotongan oleh enzim RsaI menghasilkan 5 fragmen, berukuran 50 bp, 120 bp, 180 bp, 350 bp, dan 530 bp. Fragmen 50 bp dan 120 bp ditemukan pada semua kultivar, sehingga tidak dapat digunakan sebagai penanda. Fragmen yang berukuran 530 bp hanya ditemukan pada kultivar bergenom A sedangkan fragmen berukuran 350 bp, dan 180 bp hanya ditemukan pada kultivar yang mengandung genom B. Pengklasifikasian genom DNA dari 15 kultivar pisang berdasarkan fragmen ITS DNA ribosomal menunjukkan kelompok genom AA, AA/AAA, AAB dan ABB. Simpulan yang dapat diambil dari penelitian ini adalah terdapat keanekaragaman genetika genom kultivar pisang yang didasarkan pada PCR-RFLP daerah ITS DNA ribosomal yang dengan nilai koefisien kemiripan antara 0.804-1.00. fragmen 530 bp bersifat spesifik untuk genom A, sedangkan fragmen 350 bp dan 180 bp bersifat spesifik untuk genom B. Perbandingan pengklasifikasian genom yang didasarkan pada mikrosatelit dan PCR-RFLP daerah ITS DNA ribosomal menunjukkan hasil yang sama.

Item Type: Thesis (Under Graduates)
Uncontrolled Keywords: analisis keanekaragaman genetika pisang, PCR-RFLP, ITS DNA ribosomal
Subjects: Q Science > QH Natural history > QH301 Biology
Q Science > QH Natural history > QH426 Genetics
Q Science > QL Zoology
Fakultas: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam > Biologi, S1
Depositing User: Hapsoro Adi Perpus
Date Deposited: 25 Aug 2012 20:58
Last Modified: 25 Aug 2012 20:58

Actions (login required)

View Item