Nur Asih Setiarini, 4411416016 (2021) DESAIN GEN ENV-SU PENGKODE PROTEIN SURFACE UNIT SEBAGAI KANDIDAT VAKSIN JEMBRANA DISEASE VIRUS SECARA IN SILICO. Under Graduates thesis, Universitas Negeri Semarang.

PDF (DESAIN GEN ENV-SU PENGKODE PROTEIN SURFACE UNIT SEBAGAI KANDIDAT VAKSIN JEMBRANA DISEASE VIRUS SECARA IN SILICO) - Published Version Restricted to Repository staff only Download (5MB) | Request a copy

Abstract

Sapi Bali merupakan penghasil daging unggul di Indonesia, tetapi rentan terhadap penyakit Jembrana yang spesifik menyerang sapi Bali. Pemberian crude vaccine dinilai tidak efektif sehingga dipilih gen env-su untuk mengekspresikan protein Jembrana Surface Unit (JSU) sebagai kandidat vaksin Jembrana, karena protein JSU dapat memicu respons antibodi pada sapi Bali. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis potensi protein JSU sebagai kandidat vaksin penyakit Jembrana dan menganalisis peningkatan ekspresi gen env-su yang telah dioptimasi kodonnya secara in silico. Desain vaksin dalam penelitian ini dilakukan melalui pendekatan in silico meliputi pemilihan sekuens protein SU genus Lentivirus dan proses sequence alignment dari UniProt. Konstruksi pohon filogeni untuk melihat jarak genetik antar protein SU menggunakan program MEGA-X, dilanjutkan proses optimasi kodon gen env-su dengan kodon preferensi Esherichia coli str. K-12 substr. MG1655 menggunakan OPTIMIZER. Gen env-su yang telah teroptimasi diinsersikan ke dalam plasmid pET-21a(+) dengan enzim retriksi double-digest menggunakan GenScript. Hasil sequence alignment menunjukkan tidak terdapat protein SU pada genus Lentivirus yang memiliki nilai percent identity lebih dari 30% dengan protein JSU. Analisis hubungan kekerabatan menghasilkan dua clade. Protein SU JDV dan BIV termasuk monofiletik karena jarak genetik keduanya cukup dekat yakni 2,47 pada JDV dan 1,19 pada BIV dalam satu node dengan bootstraping 100% dan memiliki percent identity sebesar 20,57%. Hasil optimasi kodon menunjukkan peningkatan nilai CAI (codon adaptation index) sebanyak 1,000 dan kandungan GC 54,4%, serta penurunan nilai ENc (effective number of codons) menjadi 22 dan kandungan AT 45,5%. Enzim retriksi double-digest EcoR1 dan HindIII dapat mengenali daerah pemotongan gen target dan MCS (multiple cloning site) pada plasmid sehingga gen env-su yang telah teroptimasi dapat diinsersikan ke dalam plasmid ekspresi pET-21a(+). Secara in silico protein JSU yang dikodekan oleh gen env-su JDV berpotensi sebagai kandidat vaksin penyakit Jembrana, namun perlu penelitian lanjut secara in vitro dan in vivo.

Actions (login required)

View Item