Nur Hidayah, 4411416035 (2020) AMPLIFIKASI GEN CO1 IKAN PARI YANG DIPERDAGANGKAN DI TPI TASIK AGUNG REMBANG MENGGUNAKAN EMPAT PASANG PRIMER. Under Graduates thesis, Universitas Negeri Semarang.

Preview

PDF Download (2MB) | Preview

Abstract

Ikan pari adalah ikan kelas Chondrichthyes yang masuk dalam red list IUCN. Ikan pari memberikan kontribusi ekonomi yang tinggi dimana dimanfaatkan untuk keperluan konsumsi, kesehatan, dan perdagangan. TPI Tasik Agung adalah tempat pelelangan ikan di Kabupaten Rembang yang berpotensi menghasilkan ikan pari cukup tinggi dengan produksi ikan pari yang selalu mengalami peningkatan sehingga dikhawatirkan menyebabkan ketersediaan di alam semakin terbatas. Perlu adanya upaya konservasi dengan identifikasi secara molekuler menggunakan gen CO1. Keberhasilan gen CO1 dalam mengidentifikasi spesies tidak lepas dari amplifikasi dalam teknik polymerase chain reaction (PCR). Penggunaan primer FishF1, FishR1, FishF2, FishR2, dan HCO2198R untuk amplifikasi gen COI ikan pari yang diperdagangkan di TPI Tasik Agung Rembang belum pernah dilakukan, sehingga perlu dilakukan penelitian tersebut. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengamplifikasi gen CO1 ikan pari yang diperdagangkan di TPI Tasik Agung Rembang menggunakan empat pasang primer. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler dan Laboratorium Riset FMIPA Unnes. Pengambilan sampel dilakukan di TPI Tasik Agung Rembang sebanyak 5 jenis ikan pari yaitu Himantura gerrardi, Himantura uarnocoides, Himantura walga, Neotrygon kuhlii, dan Rhinobatos penggali, dimana masing-masing jenis diperoleh 1 ekor. Sampel diisolasi DNAnya menggunakan protokol dari TIANamp Marine Animals DNA Kit. DNA hasil isolasi diukur kuantitasnya mengunakan nano spektrofotometer dan diuji kualitasnya dengan elektroforesis. Amplifikasi DNA dilakukan melalui teknik PCR yang diawali dengan optimasi suhu annealing primer. Produk PCR divisualisasi menggunakan gel agarosa 2%. Data hasil penelitian berupa pita fragmen gen CO1 yang tampak pada hasil visualisasi gel agarosa 2% selanjutnya dianalisis secara deskriptif untuk mengambil simpulan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kelima sampel memiliki kemurnian, konsentrasi, dan kualitas DNA cukup baik yang dapat digunakan untuk tahap amplifikasi. Hasil optimasi suhu annealing keempat pasang primer terdapat pada suhu 54°C. Hasil amplifikasi menunjukkan bahwa Gen COI ikan pari yang diperdagangkan di TPI Tasik Agung Rembang jenis Himantura gerrardi berhasil diamplifikasi oleh pasangan primer FishF1-FishR1, Himantura uarnocoides oleh pasangan primer FishF1-FishR1 dan FishF2-FishR2, Himantura walga oleh pasangan primer FishF2-FishR2, FishF1-HCO2198R, dan FishF2-HCO2198R, Neotrygon kuhlii oleh pasangan primer FishF1-FishR1, FishF2-FishR2, dan FishF1-HCO2198R, dan Rhinobatos penggali oleh pasangan primer FishF1-FishR1, FishF2-FishR2, FishF1-HCO2198R, dan FishF2-HCO2198R.

Actions (login required)

View Item