Retno Ika Sari , 4411412045 (2016) Analisis Keragaman Sekuens Nukleotida Gen D-loop pada Itik Tegal. Under Graduates thesis, Universitas Negeri Semarang.

Preview

PDF - Published Version Download (580kB) | Preview

Abstract

Itik Tegal yang dipelihara selama ini berasal dari bibit yang belum diketahui asalusul genetiknya. Identifikasi secara molekuler dapat digunakan untuk studi keragaman genetik. Deoxyribonucleic acid (DNA) mitokondria (mtDNA) dipilih sebagai marker genetik, karena mtDNA mempunyai copy number yang tinggi, mtDNA diturunkan secara maternal, dan mtDNA mempunyai laju polimorfisme yang tinggi. D-loop adalah gen noncodding pada mtDNA yang memiliki tingkat polimorfisme tinggi. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui keragaman sekuens nukleotida gen D-loop pada itik Tegal. Sampel yang digunakan adalah itik Tegal sebanyak 8 ekor dari empat jenis itik Tegal (Branjangan, Jarakan, Blorong, dan Lemahan) dari Kota Tegal. Amplifikasi DNA menggunakan primer DL-AnasPF (L56) dan DL-AnasPR (H773) menghasilkan pita sebesar 718 bp. Hasil analisis ditemukan 6 haplotipe dari 12 situs polimorfisme nukleotida. Haplotipe yang terbentuk adalah A (Branjangan 1), B (Branjangan 2), C (Jarakan 1), D (Jarakan 2 dan Blorong 1), E (Blorong 2 dan Lemahan 1), dan F (Lemahan 2). Hasil analisis kemiripan sekuen nukleotida gen D-loop seluruh sampel itik Tegal menunjukkan homologi 99% dengan Anas platyrhynchos (GenBank Acc Number KJ833587.1) dan Anas zonorhyncha (GenBank Acc Number AY506969.1). Berdasarkan pohon filogenetik, populasi itik Tegal berkerabat erat dan memiliki garis keturunan induk (maternal inheritance) yang sama dengan itik Anas platyrhyncos dan Anas zonorhynca yang didukung jarak genetik 0.00 dan nilai boostrap 100%.

Actions (login required)

View Item